Mikropalveluiden testauskäytännöt julkisen sektorin projekteissa

Online services are constantly evolving, which makes service maintainability challenging. This has led to micro service architecture, where big applications are split into smaller services in order to improve applications' maintainability, scalability, and flexibility. However, splitting a single process application into multiple services causes the testing process to be more challenging. This Master's thesis is exploring these testing problems in a micro service context and finding practical guidance for the test implementation. Moreover, this Master's thesis focuses on public sector software projects. Public sector software projects are clearly predefined and the provider has open information about the project's needs. Thus, the project has a clear goal and known boundaries right from the beginning. The research approach for this study is an exploratory multiple case study consisting of three case projects. The data of the case projects were collected through semi-structural interviews and version history commit analysis. The results of this study present a set of successful practices and recommendations for taking testing into account during a micro service oriented agile development process. Successful testing requires monitoring of the project's maturity level to focus testing resources at the right time. Additionally, the case projects brought up practical testing guidance, such as understanding of the common testing responsibility, the importance of peer review, and the value of assigning a specific tester after the project has reached its end-to-end testing phase.Web-palvelut kehittyvät jatkuvasti, mikä vaikeuttaa palveluiden ylläpitoa. Yhtenä ratkaisuna on palvelun pilkkominen osiin mikropalveluiksi. Palvelun pilkkominen edistää palvelun ylläpitoa, skaalattavuutta ja joustavuutta. Toisaalta palvelun pilkkominen mikropalveluiksi vaikeuttaa testausprosessia. Tämä diplomityö tutkii mikropalveluiden testausprosessiin liittyviä ongelmia ja etsii käytännönläheistä ohjeistuista testien toteuttamiseen mikropalveluympäristössä. Diplomityö keskittyy julkisen sektorin mikropalveluprojekteihin, koska kaikki tässä diplomityössä käytetyt tutkimusprojektit ovat julkisen sektorin hallinnoimia. Julkisen sektorin ohjelmistoprojektit ovat selkeästi esimääriteltyjä ja projektien aineisto on avoimesti saatavilla. Tämän takia projekteilla on selkeä päämäärä ja tunnetut rajat heti projektin alussa. Tutkimusmenetelmänä käytettiin tutkivaa case study -menetelmää. Tutkimus sisälsi kolme tutkimuskohdetta. Tutkimusdata kerättiin osittain jäsennetyillä kontekstuaalisilla haastatteluilla ja ohjelmistokoodin versiohallinnan historian analyysillä. Tuloksena syntyi kokoelma hyväksi todettuja käytäntöjä ja suosituksia, jotka auttavat ottamaan testauksen huomioon mikropalvelun iteratiivisessa ohjelmistokehitysprosessissa. Suositeltaviksi testauskäytännöiksi havaittiin projektin maturiteetin tarkkaileminen, että testauksen resursointi voidaan tehdä oikeaan aikaan. Lisäksi, projekteista nousi esiin muita suosituksia, kuten kehitystiimin yhteisen testaamisvastuun ymmärtäminen, koodikatselmoinnin merkitys ja erillisen testaajan tärkeys, kun projektin maturiteetti on kasvanut riittävästi

The role of KCNQ1 mutations and maternal beta blocker use during pregnancy in the growth of children with long QT syndrome

Synnynnäinen ionikanavasairaus pitkä QT -oireyhtymä (long QT syndrome, LQTS) on perinnöllinen hengen-vaarallisia rytmihäiriöitä aiheuttava sairaus. LQTS johtuu sydänlihassolujen ionikanavien rakenteita koodaa-vien geenien mutaatioista. Yleisimmät mutaatiot ovat KCNQ1-geenissä, ja ne aiheuttavat sairauden alamuo-don LQT1. KCNQ1 sijaitsee kromosomin 11p15.5 leimautuneella alueella, ja se koodittaa jänniteriippuvaista kaliumkanavaa, Kv7.1:a. Kaksi KCNQ1:n aktivoivaa mutaatiota aiheuttavat autosomaalisesti dominantisti periytyvän kasvuhormonin vajauksen ja äidiltä perittynä ienfibromatoosin. Tutkimuksen tarkoituksena oli analysoida LQTS -potilaiden, joilla on toiminnan hävittävä mutaatio (loss-of-function mutaatio) KCNQ1-geenissä, kasvua ja endokriinisia ominaisuuksia. Keskityimme erityisesti varhaisen kasvun ja parent-of-origin -mutaation suhteeseen. Tutkimuksessa analysoitiin LQT1-potilaiden (n=104) syntymäpituutta ja -painoa, syntymän jälkeistä kasvua ensimmäisen vuoden osalta sekä potilaiden endokriinisia ominaisuuksia. Tutkimuksessa havaittiin, että poti-laat, jotka olivat perineet KCNQ1-mutaation äidiltään, olivat syntymässä lyhyempiä kuin potilaat, jotka olivat perineet mutaation isältään. Jatkoanalyysit osoittivat, että vain potilaat, joiden äidit olivat saaneet beetasal-paajaa raskaana ollessaan, olivat lyhyempiä ja kevyempiä kuin ne potilaat, jotka olivat perineet mutaation isältään. Äidin beetasalpaajan käyttö raskauden aikana oli myös yhteydessä matalampiin napa-TSH-pitoisuuksiin sekä merkittävään saavutuskasvuun ensimmäisen elinvuoden aikana. Myöhemmin eroa ei ha-vaittu. Tutkimuksemme mukaan KCNQ1:n loss-of-function -mutaatiot eivät ole yhteydessä epänormaaliin kasvuun. Sen sijaan analyysiemme mukaan äidin raskauden aikainen beetasalpaajan käyttö näyttää rajoittavan ras-kaudenaikaista LQT1-potilaiden kasvua, mitä seuraa nopea saavutuskasvu ensimmäisen elinvuoden aikaan

A Genome-Wide Association Study of Diabetic Kidney Disease in Subjects With Type 2 Diabetes

dentification of sequence variants robustly associated with predisposition to diabetic kidney disease (DKD) has the potential to provide insights into the pathophysiological mechanisms responsible. We conducted a genome-wide association study (GWAS) of DKD in type 2 diabetes (T2D) using eight complementary dichotomous and quantitative DKD phenotypes: the principal dichotomous analysis involved 5,717 T2D subjects, 3,345 with DKD. Promising association signals were evaluated in up to 26,827 subjects with T2D (12,710 with DKD). A combined T1D+T2D GWAS was performed using complementary data available for subjects with T1D, which, with replication samples, involved up to 40,340 subjects with diabetes (18,582 with DKD). Analysis of specific DKD phenotypes identified a novel signal near GABRR1 (rs9942471, P = 4.5 x 10(-8)) associated with microalbuminuria in European T2D case subjects. However, no replication of this signal was observed in Asian subjects with T2D or in the equivalent T1D analysis. There was only limited support, in this substantially enlarged analysis, for association at previously reported DKD signals, except for those at UMOD and PRKAG2, both associated with estimated glomerular filtration rate. We conclude that, despite challenges in addressing phenotypic heterogeneity, access to increased sample sizes will continue to provide more robust inference regarding risk variant discovery for DKD.Peer reviewe

Pelkkä ekologinen kompensaatio ei takaa ekologisesti kestävää maankäyttöä : Kommentti Hytösen ja Tupalan artikkeliin

Uudistuvan luonnonsuojelulain (HE 76/2022) myötä ekologinen kompensaatio on noussut Suomessa ajankohtaiseksi aiheeksi. Ekologinen kompensaatio on kiistelty aihe niin Suomessa kuin kansainvälisesti. Jonne Hytönen ja Anna-Kaisa Tupala (2022) nostivat Alue ja Ympäristö -lehden numerossa 1/2022 julkaistussa kirjoituksessaan ansiokkaasti esiin ekologisen kompensaation riskejä ja mahdollisuuksia ekologisesti kestävän maankäytön suunnittelun näkökulmasta. Yksinkertaistaen heidän mukaansa kompensaatio palvelee ”reformistista”, sallivaa suunnittelua, joka voi mahdollistaa ympäristöä heikentäville hankkeille ohituskaistan tai lupa-automaatin. Vaihtoehtoisesti, tiukat reunaehdot huomioiden, kompensaatio voisi tukea ”transformatiivista”, syvään kestävyyteen tähtäävää suunnittelua, joka tunnustaa planeettamme ekologiset rajat. Yksi tällainen reunaehto on vaatimus kompensaation viimesijaisuudesta ja lieventämishierarkian noudattamisesta (Hytönen & Tupala 2022, 190)

Kunnat hidastamaan luontokatoa : suosituksia luontohaittojen välttämiseksi, lieventämiseksi ja kompensoimiseksi kuntien maankäytössä

peerReviewe

Bacterial communities in a subarctic stream network:spatial and seasonal patterns of benthic biofilm and bacterioplankton

Abstract Water-column bacterial communities are assembled by different mechanisms at different stream network positions, with headwater communities being controlled by mass effects (advection of bacteria from terrestrial soils) while downstream communities are mainly driven by environmental sorting. Conversely, benthic biofilms are colonized largely by the same set of taxa across the entire network. However, direct comparisons of biofilm and bacterioplankton communities along whole stream networks are rare. We used 16S rRNA gene amplicon sequencing to explore the spatiotemporal variability of benthic biofilm (2 weeks old vs. mature biofilm) and water-column communities at different network positions of a subarctic stream from early summer to late autumn. Amplicon sequence variant (ASV) richness of mature biofilm was about 2.5 times higher than that of early biofilm, yet the pattern of seasonality was the same, with the highest richness in midsummer. Biofilm bacterial richness was unrelated to network position whereas bacterioplankton diversity was negatively related to water residence time and distance from the source. This pattern of decreasing diversity along the network was strongest around midsummer and diminished greatly as water level increased towards autumn. Biofilm communities were phylogenetically clustered at all network positions while bacterioplankton assemblages were phylogenetically clustered only at the most downstream site. Both early and mature biofilm communities already differed significantly between upstream (1st order) and midstream (2nd order) sections. Network position was also related to variation in bacterioplankton communities, with upstream sites harbouring substantially more unique taxa (44% of all upstream taxa) than midstream (20%) or downstream (8%) sites. Some of the taxa that were dominant in downstream sections were already present in the upmost headwaters, and even in riparian soils, where they were very rare (relative abundance <0.01%). These patterns in species diversity and taxonomic and phylogenetic community composition of the riverine bacterial metacommunity were particularly strong for water-column communities, whereas both early and mature biofilm exhibited weaker spatial patterns. Our study demonstrated the benefits of studying bacterioplankton and biofilm communities simultaneously to allow testing of ecological hypotheses about biodiversity patterns in freshwater bacteria

Kunnat hidastamaan luontokatoa : Suosituksia luontohaittojen välttämiseksi, lieventämiseksi ja kompensoimiseksi kuntien maankäytössä

Peer reviewe

Effect of water vapor on the determination of aerosol direct radiative effect based on the AERONET fluxes

The aerosol direct radiative effect (ADRE) is defined as the change in the solar radiation flux, F, due to aerosol scattering and absorption. The difficulty in determining ADRE stems mainly from the need to estimate F without aerosols, F0, with either radiative transfer modeling and knowledge of the atmospheric state, or regression analysis of radiation data down to zero aerosol optical depth (AOD), if only F and AOD are observed. This paper examines the regression analysis method by using modeled surface data products provided by the Aerosol Robotic Network (AERONET). We extrapolated F0 by two functions: a straight linear line and an exponential nonlinear decay. The exponential decay regression is expected to give a better estimation of ADRE with a few percent larger extrapolated F0 than the linear regression. We found that, contrary to the expectation, in most cases the linear regression gives better results than the nonlinear. In such cases the extrapolated F0 represents an unrealistically low water vapor column (WVC), resulting in underestimation of attenuation caused by the water vapor, and hence too large F0 and overestimation of the magnitude of ADRE. The nonlinear ADRE is generally 40–50% larger in magnitude than the linear ADRE due to the extrapolated F0 difference. Since for a majority of locations, AOD and WVC have a positive correlation, the extrapolated F0 with the nonlinear regression fit represents an unrealistically low WVC, and hence too large F0. The systematic underestimation of F0 with the linear regression is compensated by the positive correlation between AOD and water vapor, providing the better result.ISSN:1680-7375ISSN:1680-736